乾隆晚期，昔日的盛世逐渐走向尾声，社会矛盾日益激化，尤其表现为土地兼并日趋严重，导致各地矛盾尖锐，农民起义接连爆发。这些起义不仅仅局限于汉族地区，也波及少数民族聚居区，较为著名的如湘黔苗族起义和西北的回民起义。对于广大农民来说，这些起义多是因“官逼民反”，表现出一定的正义性；而对于清政府而言，镇压起义则被视为维护秩序的“天经地义”。因此，这场历史进程中，双方都难以简单地被定性为对错，我们应以中立视角客观审视。

1755年至1781年间，西北地区连续遭遇多次严重自然灾害，农业生产遭受沉重打击，民生困苦不堪。按照伊斯兰教义，穆斯林每年需按一定比例缴纳称为“天课”或“济贫税”的宗教赋税，这笔款项本应用于慈善济贫，实际却成为清真寺教长和阿匍的私有财富。这些宗教领袖不仅靠赋税积累财富，过着奢华生活，还购置土地出租给农民耕种，使得教长与教民的关系逐渐转变为典型的地主与农民的阶级矛盾。同时，教长职位由教民推选演变成世袭，形成了类似门阀的“门宦”制度，进一步加剧了西北地区的阶级冲突。

在这种复杂背景下，部分教民渴望宗教改革，催生了新教门宦运动。其创始人甘肃安定人马明心，曾赴麦加朝觐，并在海外深入学习伊斯兰教义。1761年归国后，他开始传播改革思想，主张简化繁琐的宗教仪式，反对世袭制，提倡“传贤”制度。这些理念切中广大教民的利益诉求，赢得了广泛支持。乾隆帝亦曾称赞：“闻新教念经仅收五十六文，而旧教需羊只布匹，费用较高，贫民多愿归新教。”当时当地撒拉族约有1000户，竟有800户皈依新教，新教势力迅速崛起。

然而，马明心的改革触动了旧派既得利益，两派矛盾日益激烈，最终演变为武装冲突，甚至发生械斗。1769年，双方均向官府告状，官府偏袒旧教派，将马明心的大弟子贺麻路乎流放乌鲁木齐，封锁三座清真寺。此后，马明心的另一弟子苏四十三接过旗帜，继续领导新教抗争。双方斗争愈演愈烈，最终酿成大规模民变。

1780年，清水工打速古庄爆发教派冲突，一名新教成员被打致死，官员判定旧教赔偿“半个命价”，引发新教成员强烈不满和抗议。同年12月，新教聚会决定武装攻击旧教，誓言“备械将尽杀老教，灭土司”，内乱一触即发。1781年，苏四十三自称“回王”，率领千余新教教民攻占清水工河东庄，杀死多名旧教首领，旧教则迅速集结报复，双方冲突不断升级。陕甘总督勒尔谨闻讯，紧急派遣兰州知府杨士玑和河州协副将新柱率军前往镇压。

为试探清军立场，苏四十三乔装旧教成员迎接新柱。新柱抵达后表示要为老教“尽洗新教”，此言令苏四十三深感失望，决意发起反清起义。实际上，新柱可能只是权宜之计，但其言辞无助缓和矛盾，反而激化了冲突。当天夜里，苏四十三带领教民起义，攻入公馆，杀死新柱，继而攻占河州（今临夏）。乾隆帝获报后，命阿桂和和绅率兵前往甘肃镇压，实施“拉一派打一派”的策略，借老派镇压新派。甘肃总督勒尔谨则设计捕获了马明心。

苏四十三闻讯即北上攻打兰州，意图救援马明心。当时兰州守军仅约800人，形势十分紧张。战事激烈，义军多次猛攻城池，甘肃布政使王廷赞将被押于城头的马明心劝说义军撤退，但马明心坚决拒绝，最终被王廷赞杀害。尽管义军攻势猛烈，却未能攻克兰州，只得退守西南龙尾山和华林山。这两座山北临黄河天险，南依洮河屏障，地势险峻且水源充足，极易防守。清军万人驻扎城东，却不敢轻易出击，义军利用游击战术骚扰清军，令其疲于奔命。和珅抵达后指挥进攻，仍遭失败。

4月21日，名将阿桂抵达兰州，整顿军队，统一指挥，将大营设于城内，命前线清军稳步推进。他调集了曾参与金川战役的五寨屯练、番兵千人和阿拉善骑兵七百人，力图借助川军山地作战优势一举攻破义军营地，并用骑兵进行追击，同时在华林山布置伏兵，防止义军突围。闰五月，清军兵力集结至两万，阿桂下令发动对华林山的进攻，但义军凭借地势优势顽强抵抗。阿桂遂假装撤退，诱使义军放松警惕，伏兵趁机攻入山中，摧毁其营地，切断水源，义军陷入困境。

六月间，雨水缓解了义军缺水之苦，战力逐渐恢复。阿桂遂命清军开挖壕沟、筑木栅、建碉楼，并动用大炮猛攻义军阵地。6月15日，清军攻入义军营地，双方展开激烈肉搏，义军损失惨重但仍坚守华林寺。至7月5日，清军再次发起猛攻，华林寺被毁，义军最终全军覆没，苏四十三起义宣告失败。

清政府随后严禁新教传播，在陕甘地区大肆搜捕新教徒。乾隆帝颁布严厉法令，要求“即从严多办，亦不为过”，对牵连人员严惩不贷，致使大量无辜民众遭受株连，回族民众陷入极度恐慌，局势愈发紧张。乾隆的强硬措施未能缓解矛盾，反而加剧了地区危机。

1784年，田五和张文庆领导的回民起义爆发。田五，宁夏人，又名富，和张文庆、李可魁均为马明心弟子。苏四十三起义失败后，田五等暗中联络信教成员密谋复仇，筹划起义。消息走漏，田五被迫提前发动，4月15日起兵，攻占西安州营土堡，缴获大量弹药，继而进攻靖远县。陕甘总督李侍尧与甘肃提督刚塔急调军队围剿。义军攻靖远失败，遭清军重创，田五中枪自尽。

李可魁率残部与清军周旋，队伍发展至千余人，随后脱身至通渭县与张文庆、马四娃汇合，攻下通渭城。西安副都统明善率1200兵力前来镇压，义军将清军引至石峰堡，实施内外夹击，全歼之。义军据守险要地形，与清军对峙。

因清军镇压无效，乾隆革去李侍尧与刚塔官职，任命福康安为陕甘总督、海兰察为参赞，阿桂为将军，哈当阿为甘肃提督，并调集蒙古骑兵、金川番兵、宁夏八旗兵、京营火器营、陕甘绿营兵及撒拉老教土兵等万余军力增援。六月，福康安兵分两路攻底店山，义军抵抗不力，加之马文熹叛变，形势急转直下。义军退守石峰堡，该地三面悬崖，地势险峻，易守难攻。义军筑碉堡、土墙并开壕沟固守